Je ne sais pas sur quel système tu as installé darktable.
Si tu es sous Linux tu peux utiliser le script purge_non_existing_images.sh
Si tu es sous Windows tu trouveras un script similaire : purge_non_existent_images.bat
Comme leurs non l’indique, ces scripts vont supprimer de la base de données les photos non trouvées sur le disque.
Pour trouver ces scripts je te renvoie vers le document « Les fichiers de configuration de darktable » disponible sur ce site, ICI.