Je reproduis également (Ubuntu 24.04/dt 5.6).
Une différence entre les deux photos réside dans le champs État des informations de l’image où on voit que pour celle qui part en vrille on a un r en dernier indice (2...r..a....r):
J’avais traduit la signification de ces codes dans un ancien sujet l’an dernier : Informations de l'image -> Etats - #2 par manu
Et en remontant le sujet sur le forum international, je vois qu’on se posait pas mal de questions au sujet de ce dernier indice 12 (ils sont numérotés de 0 à 12).
Autrement dit, à l’époque, on y connaissait éventuellement un j. Possible que ce soit une nouveauté de la dernière version de darktable…
Cependant, quand on compare les deux champs des deux photos (en passant la souri au dessus), on voit que pour la « correcte », au lieu de Chargement : RawSpeed on a Chargement : inconnu.
Ce qui m’étonne, car le chargement du NEF devrait être RawSpeed dans tous les cas.
Ce n’est d’ailleurs peut-être pas une vraie piste… 
Et en lançant darktable avec l’option debug (-d common, et même -d all), je n’ai rien vu d’alarmant.
Je n’hésiterais pas à ouvrir une issue sur le github de darktable…